Al instalarlo hay que crear un usuario que tenga como directorio home /var/www/html o el que corresponda. Y debe de pertenecer al grupo nobody.
Luego en la configuración de FTP hay que indicar el USER y el GROUP como nobody.
Seguir esta web: http://aptitudelinux.com.ar/index.php/108-instalar-y-configurar-servidor-ftp-proftpd-en-centos
Luego en el cortafuegos hay que abrir los puertos 20 y 21 si hay problemas con el modo pasivo.
Si sigue dando problemas mirar: http://blogs.reliablepenguin.com/2012/03/08/passive-mode-ftp-with-iptables